為了提供更好的就醫環境與診療品質，本院投入相當大的人力物力積極進行二期擴建，改善各項軟硬體設備，經過多年的努力，新院區已訂於2014年9月29日啟用。
首波啟用範圍包括1樓及2樓，屆時門診診間將有大幅度的調整，敬請留意院區內相關指標或洽詢服務台及行動志工。
現階段門診藥局、藥物諮詢室仍於原地點繼續提供服務；由於院區擴大且新舊院區部分通道尚未貫通，連續處方箋回領不需繳費的民眾，建議多加利用門診藥局前自助回領服務，以減少移動所耗費的時間。
有關新院區啟用相關資訊，請留意亞東紀念醫院官網，搬遷過渡期間如造成不便，敬請諒解。