為使本部名稱更符合實際業務範疇，自2014年7月起，原「藥劑部」正式更名為「藥學部」，英文名稱仍維持 Pharmacy Department。

藥劑部門中文稱呼源自日本醫療體系，然而藥劑學僅是藥學的一門學問，本院藥師提供的服務，除傳統的調劑處方外，已擴展到臨床藥事照護、正確用藥推廣、參與公共政策以及藥學教育等多元化藥事服務，繼續使用藥劑部名稱已無法貼近實際業務範疇。
2014年7月~12月為藥學部更名過渡期，本部現已著手進行文件表單更新，院區指標將待二期擴建工程一併重整，造成不便，敬請見諒。

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